パディントン（ベン・ウィショーの声）は、愛するルーシー叔母に会うために故郷のペルーに戻ります。ルーシーおばさんは現在、引退したクマの家に住んでいます。しかし、謎がパディントンとブラウン一家を予期せぬスリリングな旅へと連れて行きます。アマゾンの熱帯雨林からペルーの山頂まで、エキサイティングな冒険が続きます。