アスガルド戦争から5年が経過し、世界はゴールデンバイパーと「東方同盟」の支配下で、偽りの脆弱な平和を維持していた。ヘイヤを復活させるため、ルイは上都に戻り、ゴールデンバイパーグループが独占する「聖櫃の手がかり」を探そうとする。しかし、第二種文明と密接な関係を持つ謎の組織「黄昏の使者」が、かねてより聖櫃とルイを狙っていた…。