仮面の反逆者ゼロとして反ブリタニア勢力「黒の騎士団」を強化したルルーシュと、第三王女ユーフェミアの騎士に任命されたスザク。それぞれ力を増した二人が運命の転換点を迎える。第11地区の副総督として、ユーフェミアは行政区「日本」の設立を発表した。日本行政区の実現は黒の騎士団の存在意義の消滅を意味する。この状況を打破するため、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みる。守りたいものへの備えという意識。ギアスの値段。一縷の希望と積年の野望が弄ばれ、悲劇は徐々に加速していく――。