少女シアが目を覚ますと、周りには海だけが広がっていた。突然狂ったように轟いた海に流され、ラン、ちゃん丸、ムーダンとともに島にやって来た。島は未開のジャングルに覆われ、巨大な植物が広がり、凶暴な動物や昆虫が次々と襲来し、死を伴うサバイバル生活に巻き込まれる。そんな時、ガイドを名乗る男から信じられない計画を聞かされる。つまり、7SEEDS計画は、人類滅亡を回避するため、若く健康な人類を冷凍保存し、災害後の世界に人類の種を残すという強力な計画である。彼らは自分たちがこの計画に選ばれた人間であることを初めて知り、衝撃を受ける。 7SEEDSプロジェクトに選ばれた若者たちは、過酷な環境にさらされながらも、激変する世界を懸命に生き抜こうとする。