主人公のフレイム・ロータスは、かつて住んでいた神原町に戻り、不協和音を感じる。彼は確かにこの通りに住んでいたはずですが、そのとき何が起こったのか覚えていませんでした。そんな時、レンのスマホに突然インストールされた見たこともないゲーム「モンスターピンボール」。彼は携帯電話から飛来したモンスターを現実世界に連れて行き、街中で戦いを始めました！戦いの後、レンは自らの身に眠る謎の記憶の正体、そして魔物ビー玉の正体に気づく。鍵を握る水沢葵、シャドームーンあきら、若葉みなみとともに謎に一歩を踏み出す蓮だが、その先に待つ想像を絶する真実はまだ何も知らない。