民俗学を研究していた教授が禁断の本を開いてしまい、古代日本に雷と稲妻の邪悪な神が取り憑いてしまった。邪神は世界に戻って支配しようと考え、超大国研究防衛局はヘルボーイと特別捜査官のグループを派遣した。事件を調査する過程で、ヘルボーイはサムライの剣を拾ったとき、さまざまな幽霊や怪物がいっぱいの世界に入り込みました。ヘルボーイは人間界に戻った。