大切な仲間のために少女達も参戦！互いに争い続けてきた5つの世界からの来訪者「Z/X」は休戦協定を結び、人類は滅亡の危機を回避した。主人公の各務原あずみは、ブルーワールドからの指令を受け、パートナーとなったゼクス・リゲルとともに新設の女子校「富士御崎学園」に入学する。この学園で彼らはどのような“運命”に出会うのか？