空中には色とりどりの光で輝く「知の箱」があり、その中には無数の世界と時間と人間が収められている。デュジャール（CV：種田梨沙）とドロシー（CV：佐倉綾音）は、あらゆる世界を侵食するウイルスと戦うために「知識の箱」を旅します。ウイルスに汚染された世界は一刻も早く撲滅しなければなりません。ある日、新たなウイルスの出現を感じた二人が駆け付けると、そこにはウイルスに侵された少女・リモ（CV：花守ゆみり）がいた。記憶を失い、自分の命だけを知った少女が最初に口にした言葉は、全ての人の運命に関わっていた…。