CW版は1990年のフランス映画『ニキータ』、1993年のアメリカ版リメイク映画『ニキータ：ネバー・ゴー・バック』、およびアメリカとカナダが共同制作した1997年のテレビシリーズ『ニキータ』をベースにしている。前シーズンのコンパクトなストーリーを引き継ぎ、今回もニキータ（マギー・Q）が陰謀を企てるパーシーに対処し、彼女と組織との戦いが引き続き描かれます。しかし今回は、恋人のマイケル（シェーン・ウェスト）、組織の秘密捜査官であるアレックス（リンジー・フォンセカ）、そしてコンピューターの専門家であるブリコフ（アーロン…アーロン・スタンフォード演じる）というさらに3人の助っ人がいる。誰もが暗黙のうちに協力し、生死を経験し、次々と困難を乗り越え、危険な任務を次々と成功させた。組織の真相を探ると、その範囲は多岐にわたり、国政にも浸透していることも判明した。今度はみんなで状況を好転させることができるのか……。