物語の舞台は遠い未来の世界で、人類の宇宙探査が成熟期を迎えている頃、メル（ネイサン・フィリオン）は宇宙船「セレニティ」の船長として日々「故郷」を航行している。広大な宇宙。セレニティには9人の乗客がおり、それぞれの身分も性格も異なります。彼らはそれぞれに隠された暗い過去を持っており、また、セレニティに乗り込む理由も異なります。 9人の共通点は、全員が地上世界の“いばら”であることだけ。生活をやりくりするために、セレニティはあらゆる種類の有益な任務を引き受けますが、その中には合法とは思えないものも含まれています。同時に、メル船長とその乗組員は連邦政府からの脱出を試みなければなりません。