前回のテロ事件を経験した政府は、CTUのテロ事件への対応に満足できなかったため、最終的にCTUの解散を決定した。ジャック・バウアー（キーファー・サザーランド）も、テロ攻撃を防ぐために拷問やその他の違法な手段を使用したとして厳しい監視の対象となっている。当初は残りの人生を刑務所で過ごすだろうと考えていたが、死から蘇った元同僚のトニー（カルロス・バーナード）の出現により、ジャックのこれまでの人生は完全に崩壊した。トニーはジャックがアメリカの路上で起きた新たなテロ攻撃の捜査に協力してくれることを望んでいる。捜査が深まるにつれ、ジャックは自分の周囲のトニーの正体がますます不明瞭になってきていると感じる。ジャックはトニーがはっきりと伝えてくれていないことがあるといつも感じていました。新大統領のジャックに対する信頼のおかげで、捜査は危機に満ちていたものの、比較的順調に進められた。しかし最終的に、ジャックはテロ事件の黒幕が、共に戦っていた友人のトニーであることを知ることになる…。