ソニックはグリーン ヒルズの町に落ち着いたら、自分が真のヒーローになれるということを証明したいと考えています。エッグマン博士が新しいパートナーのナックルズとともに人類の文明を破壊するほど強力なエメラルドを見つけるために戻ったとき、彼は再び厳しい試練に直面しました。今回、ソニックは相棒のテイルスとチームを組み、エメラルドが悪者の手に渡る前に見つけ出すことを願って世界中の冒険に乗り出します。