ナルコス: メキシコ シーズン 2 では、現在メキシコ最大の麻薬カルテル (グアダラハラ カルテル) のゴッドファーザーとなっているミゲル アンヘル フェリス ガヤルドの物語が続きます。彼はすべての勢力の支配を維持し、帝国を発展させ、常に国家を和解させるために懸命に働いています。ゴッドファーザーになるまでに彼が直面した裏切りと犠牲。麻薬カルテルの異なる「勢力」間の摩擦が激化するにつれ、フェリスの状況制御は弱まった。一方、メキシコでは麻薬カルテルによる流血事件（DEA捜査官キキ・カマレナの死）と汚職政治家による報復の連鎖が引き起こされている。執拗なDEA捜査官ウォルター・ブレスリン率いるレイエンダ作戦は、常に計画通りに行動するわけではなく、フェリス・ガヤルドとその幹部らを標的にし、麻薬カルテルの不安定と混乱をさらに悪化させている。