アメリカのロサンゼルスには、漫画のキャラクター専用の「トゥーン・シティ」がある。漫画のスター、ロジャー・ラビット（声：チャールズ・フライシャー）は、妻のジェシカ（声：キャスリーン・ターナー）がパートナーのドール・ハーマンの浮気を疑っている。漫画映画会社のオーナーであるマローンは、ロジャーが関係を断ち切って自分の人生に集中する決意をできるように、私立探偵エディ（声はボブ・ホスキンス）を雇って状況を解明し、ジェシカの浮気現場の写真を撮らせた。 . 漫画シリーズの撮影に従事。エディは、少し前に兄のテディが漫画のキャラクターによってトゥーンシティで暗殺されたため、一刻も早く犯人を見つけたいと考えていたため、この件を快諾した。捜査が深まるにつれ、エディはもう一つの不倫が関係していることに気づくが、エディは簡単に事件の真相を突き止めることができるのか…。ゲイリー・ウルフによる同名のベストセラー小説を原作とした、実写とアニメーションを組み合わせた作品です。