CIA 工作員ジャック・レーン (ハリソン・フォード) は、再び複雑な麻薬密売戦争に巻き込まれる。元陸軍大将がガンを患っていたため、レーンはCIA副長官に任命され、麻薬売人による米大統領の友人殺害事件の捜査を命じられた。大統領の友人とその家族が麻薬カルテルによって睡眠中に毒殺された。真実を知るためにレーンは捜査を始めた。しかし、レンヌは彼の友人が実はコロンビアの麻薬カルテルに関わっていることを発見し、それだけでなく大統領も麻薬カルテルに対処するために秘密部隊を派遣し、麻薬カルテルを壊滅させようとした。真実を知らないレンヌは、利害が対立する国際政治陰謀に巻き込まれるだけでなく、敵味方の区別もつかないジレンマに陥ってしまう。状況はますます混乱しており、闇に包まれているレンヌは、危険を冒してでも解明しようと決意している。この映画はトム・クランシーのベストセラー小説を映画化したもので、「パトリオット・ゲーム」の続編です。