この物語は、野原ひろしとみざおの家に5歳の男の子を連れてきたピ・ズインという女性が、自分がひろしとみざおの5歳の息子しんのすけの実母であると告げるというもの。二人が泊まった夜、野原一家は謎の忍者集団に襲われる。しんのすけが誘拐された。ピズ・イン家は忍者の故郷で、代々地球のエネルギー「ニントゥル」を守ってきた一族。その結果、地球の存続はしんのすけの忍法に委ねられることになった。