シーズン5が終了すると、パイパーと他の10人の囚人は重武装した特別警察に包囲され、血なまぐさい紛争が始まろうとしていた。その間、他の囚人は他の刑務所に移送されます。シーズン6の物語は、「SWAT包囲事件」事件から1週間後、リッチフィールド刑務所の暴動は鎮圧され、奪還された囚人たちは新たな環境で新たなルールに適応することを余儀なくされたところから始まる。暴動の主犯は全員、厳重警備の「リッチフィールド・マックス」刑務所に収監されている。テイスティーさんは最悪の状況に陥り、プッシーさんの死に対する正義を要求したが、現在、彼女はピスカテラさんとハンフリーさんの死に関して正式に捜査を受けている。刑務所内の権限は変わり、刑期は大幅に延長され、かつて存在していた休日のような生活はもはや存在しません。もともと超然とした「囚人リーダー」は今では「下っ端」となり、他の囚人から虐待されるだけでなく、看守からも拷問を受けている。友情が試され、新しいパートナーシップが形成されます。自発的なものもあれば、状況によって強制されるものもあります。当局は暴動に参加した囚人を独房に拘留し、別々に尋問した。そして魅力的な司法取引条件を提示し、内部分裂を引き起こした。保身を求めて減刑するために友人を裏切るべきなのか、それとも友情至上を主張して団結を維持すべきなのか。今最も重要な質問は...アレックスはどこにいるのかということです。