前シーズンでは、ジャック（キーファー・サザーランド）は復讐心を晴らすため、ある戦略を用いて逃亡し、お忍びで平凡な生活を送っていた。しかし、元大統領デヴィッド・バルマー（デニス・ヘイスバート）の登場により、元同僚のミシェル（レイコ・エイルズワース）とトニー（カルロス・バーナード）が次々と殺され、それを知る最後の同僚クロエ（メアリー・リン・ライスカブ）もジャックはまだ生きていたが、殺害の脅迫も受けていた。最後の手段として、クロエはジャックの電話に電話して助けを求めた。クロエとジャックが出会ったとき、殺人鬼が現れ、ジャックは驚異的なリーチでついに追手を捕まえた。そして彼の口から強引に尋ねてみると、元大統領の暗殺が彼らの主な任務であり、他の目的はジャックに捜査の矛先を向け、ジャックをこの暗殺任務のスケープゴートにすることだけだったことが判明する。元大統領を殺害する目的も彼を黙らせることであり、元大統領が特定のことを発表するのを妨げることではない。では、前大統領は何を言いたかったのでしょうか？ジャックは今までの平凡な生活を捨てなければならなくなり、再び衝撃的な陰謀に巻き込まれることになる。