亡き母を懐かしむ弟エリックは、錬金術最大の禁忌を犯すことも厭わず、人体精製を行った。しかし、兄のエドワードは左足と右腕を失い、弟のアルフォンスは肉体を失い、魂を鎧に宿すことしかできなかった。自らの罪を償い、失ったものを取り戻すため、兄弟は伝説の「賢者の石」を探す旅に出た。数年後、右腕と左足を「機械の鎧」に置き換えられた国家錬金術師は人々の前に現れ、彼は「鋼の錬金術師」と呼ばれた。