ゲストとして新型エンタープライズ号に試験航海に出たカークらは、途中で救出任務を受けるが……別の時空ではサウロン博士が惑星を破壊し、エンタープライズ号を攻撃しようと画策していた。新しい船長ピカルトがサウロンを止めるのを助けることができるのは、78年間行方不明だったカーク船長だけです。