小学生の木之本桜（CV：丹下桜）は、優しい父親の木之本藤孝（CV：田中秀幸）と、思いやりのある友人の大道寺知世（CV：岩男潤子）がいる普通の女の子。ある日、父親の書斎で長年埃をかぶっていた魔法の本を見つけ、思わずその本の封印を解いてしまうと、彼女の前にしゃべる人形・ケルベロス（CV：久川綾）が現れる。小柯は自分が本を守る神獣であり、本にはクロウカードというものが封印されていると告げた。封印が解かれた今、サクラはクロウの魔術師になり、各地で問題を引き起こしているクロウカードを取り戻すのを手伝ってもらいたいと考えています。翌日、サクラのクラスにリー・シャオラン（声：くまいもとこ）という転校生が転校してきた。このクールな少年はクロウカードを求めてやって来たのだった。クロウカードの封印により、さくらの周りに次々と登場人物が現れるが、その真の目的は未だ明かされていない。