少女ゾーイ・ベンソン（タイッサ・ファーミガ）は誤ってボーイフレンドを殺してしまい、自分が魔女の血を引いていることを知る。彼女は秘密の魔女学校に連れて行かれ、異なる能力を持つ3人の少女、マディソン、クイニー、ナンと出会いました。それから間もなく、コーデリア校長（サラ・ポールソン）の母親であるフィオナ・グッド（ジェシカ・ラング）が学校に戻ってきた。彼女は先代のスーパー魔女として認められているが、老化と魔力の喪失に不安を抱えている。フィオナは、不死身の黒魔女メアリー・レイヴン（アンジェラ・バセット）によって200年近く生き埋めにされていたラローリー夫人（キャシー・ベイツ）を見つけ、不死の秘密を知りたいと願う。予期せぬことに、一連の出来事により、長年眠っていた 2 つの魔女グループ間の戦争が勃発しました。時を同じくして、魔女を殺害する別の謎の組織も勃発しようとしていた。 21世紀も魔女の伝説は続く…。