今シーズンの物語は前シーズンから3年後が舞台となります。今シーズンでは、トニー（カルロス・バーナード）とミシェル（レイコ・エイルズワース）が結婚してCTU長官となり、ジャック（キーファー・サザーランド）の娘キムもCTUに入り諜報分析官となった。物語は、致死性のウイルスに感染したロサンゼルスの保健センターの外に遺体が捨てられるところから始まる。メキシコの麻薬王は、弟を解放するために致死性のウイルスを使って米国政府を脅迫した。そこでジャックは再び対テロ捜査の道を歩み始めた。このシーズンでは、ジャックの捜査はうまくいきませんでしたが、麻薬密売人に侵入するために、ジャックは麻薬中毒になることを躊躇せず、捜査に多くの困難を引き起こしました。ホワイトハウスはというと、再選されたバルマー大統領（デニス・ヘイスバート）は回復後、専属の医師のガールフレンドを周囲に抱え、大統領の弟のウェインが再選のプレッシャーにさらされていた。 -選挙、、そして私たちはこの生物学的危機を解決しなければなりません。大統領はこれまでのようにジャックを強力に支援できるだろうか？