物語の舞台は21世紀末。当時、魔法は神話や伝説の中だけに存在していたものではなく、科学や超能力と融合し、広く知られる存在となった。この国は、この分野の人材を育成し、より国に貢献できるよう、初の魔法大学付属大学も設立しました。司波達也（CV：中村悠一）と妹の司波深雪（CV：早見沙織）は魔法科高校の新入生で、深雪は優れた能力を持つ「カローラ」、達也は2年生の「その他」。彼の代役だよ。」兄妹は学園で、屈託のない性格の千葉エリカ（CV：内山夕実）、物静かで気弱な柴田美月（CV：佐藤聡美）、まっすぐで勇敢な西城雷ら、魅力的な仲間たちと出会う。学びの過程で、学園に存在する秘密が徐々に明らかになる。