科学技術が発達した未来、インターネット上では真偽不明の奇妙な現象「ホログラフィックゴースト」が出回っている。中学1年生の天野一雄は、父親が遺した「デジモンマシン」を起動させ、誰もが見ることのできなかった未知の生命体「デジモン」の姿を目にするようになる…。