UC（宇宙世紀）0079年、人類は宇宙に発展し、巨大な衛星を多数建造し、人類が宇宙で生活できるようになった。地球連邦政府による搾取と抑圧に耐えかねた衛星住民は独立を宣言し、軍隊を結成して地球連邦政府に対抗した。戦争中、双方ともモビルスーツを開発し、戦場に投入した。 NEWTYPEの少年アムロ・レイは、ひょんなことから連邦軍が開発したばかりの「機動戦士ガンダム」に乗り込み、後に「一年戦争」と呼ばれる戦争に巻き込まれ、宿敵シャア・アズナブルと出会う。