中学生のティーンエイジャー、マイヤーズ（声：シャメイク・ムーア）は、誤って放射性クモに噛まれ、彼の体に奇妙な変化が生じました。偶然にも、彼はスパイダーマン（声：クリス・パイン）と犯罪リーダーのキングピン（声：リーヴ・シュライバー）の戦いを目撃した。キングピンが時空衝突型加速器を使って宇宙を混乱させるのを阻止するため、スパイダーマンはついに英雄的に死んだ。しかしそれから間もなく、平行世界から退廃的なピーター・パーカー（声：ジェイク・M・ジョンソン）がマイルズの前に現れた。キングピンの陰謀を阻止し、パーカーが自分の世界に戻るのを助けるために、彼らはキングピンの隠れ家に侵入した。その過程で、二人はドクター・オクトパスとプラウラーによって狙撃された。同時に、他の宇宙から女性スパイダーマン、シャドウスパイダーマン、スパイダーピッグマン、二次元スパイダーガールが次々と登場。彼らは協力して悪の勢力と戦います...