この地球には信じられないほどの生物ポケモンが住んでいます。若きXiaozhiとポケモンの出会い、冒険、そしてバトル体験の物語が今、始まります。成都エリアでの旅行を終えた後、シャオジーは最初に入手したポケモン、ピカチュウだけを方原に連れて行きました。しかし方原へ向かう途中、ピカチュウはロケット団の襲撃を受け、様子がおかしくなってしまう… AGではシャオジーと新たに追加されたヒロイン・シャオヤオ、いつもシャオジーをサポートするシャオガン、そして弟のシャオヤオ・シャオシェンが方原で一緒に暮らしていた。そしてバトルゾーンへ向かいました。