時は経ち、ピーター・パン（ロビン・ウィリアムズ）は成長し、優秀で有能な弁護士になりました。彼は幼なじみの恋人ウェンディ（マギー・スミス）の孫娘と結婚し、二人の可愛い子供をもうけました。現実世界でも家族は幸せで温かく幸せです。この時、ピーターはピーター・パンとしての自分のアイデンティティも、ネバーランドでのスリリングで幸せな時間も忘れていました。妻子を連れて祖母を訪ねる途中、邪悪なフック船長（ダスティン・ホフマン）が再び現れ、子供たちを誘拐した。不安を抱えるピーターは、子供たちを救うために、一刻も早くピーター・パンの正体を突き止め、宿敵と戦うためにネバーランドに戻る必要がある…。