本作の主人公・岡部凛太郎（CV：宮野真守）は、自らを「フェニックス学園の殺人鬼」と称し、仲間とともに秋葉に「未来発明研究所」を設立。奇妙な発明や研究は単純な実験室で行われます。 2010年7月28日、岡部は幼馴染のまゆり（声：花澤香菜）と理科教室へ行き、そこで天才少女・牧瀬紅莉栖（声：今井麻美）に出会う。予期せぬ出来事が起こり、ホールの廊下で悲鳴が聞こえ、その音を聞いた岡部は血だまりの中で倒れている牧瀬を発見した。岡部さんは携帯電話のテキストメッセージを使って友人の橋田徹さんにこの事件について伝えた。研究室にあるいわゆる「未来の小道具」は世界の成り行きに大きな影響を与える可能性があり、それ以来、岡部は孤独な観察者となった。それはすべてシュタインズ・ゲートの選択です。