ポセイドンの娘ポニョは、遊ぶために深海から逃げてきたが、ガラス瓶に閉じ込められて海岸に流れ着いたところ、海岸の崖に住んでいたゾンスケに助けられ、二人は出会う。 。しかし、ポニョの父親であるマジシャンのフジモトは、人間の世界は汚くて醜いと考え、ポニョを強制的に海に連れ戻しました。父親の妨害、町に押し寄せる津波、そして魔法を永久に失う危険にさらされても、ポニョは大胆かつ毅然として人間になってゾンスケと一緒にいることを決心しました。ポニョを永遠に守ると誓ったゾンスケに新たな試練が訪れる…。