明治維新の時代、敵も我々も、それぞれの理想と目標のために勇敢に戦った。この時代、大久保利通、木戸孝允、坂本龍馬、沖田総司といった著名人や崇高な理想が次々と現れました。新時代の到来を推し進めるため、改革派は暗殺も辞さなかったが、その数多の暗殺者の一人が緋村剣心だった。孤児として生まれた平村は、比古清十郎から飛行剣術を学び、若く精力的に戦いに参加し、奇襲部隊の中で頭角を現した。フェイチュンはその特異な技で、やがて幕府を畏怖させる処刑人抜刀斎となると同時に、宿敵・壬生狼・斎藤市との幾多の決闘を繰り広げた。明治政府樹立後、灰村は牛刀をしまい、逆刃刀を腰に下げた浪人となった。放浪の途中で神谷道場の跡取り・薫、東京府貴族の末裔・明神弥彦、元赤報隊の相良左之助らと出会う。戦いに次ぐ戦いの中で、彼らの友情は深まり続け、フェイクンの血に染まった心はゆっくりと浄化されていきました... この映画は同名コミックを原作としています。