堂本一樹は有名なピアニストで、2年前に突然ピアノを弾かなくなり、オルガンに専念すると発表し、堂本コンサートホールを建設し、当日コンサートを開催する予定だった。その完成。しかし、コンサート前に堂本音楽院の生徒たちが次々と爆発事故で死亡し、その後個別に殺害されるという事件が発生した。園子はコナンたちをリハーサルに連れて行き、絶対的な音楽センスを持つソプラノ歌手秋葉玲子と出会うが、ルンシェン茶に薬を盛られたり、森を奪った際に空気銃で襲われたりするなど、危険な目に遭い始める。オーディション当日には襲われて失神したこともあった。しかし、コナンが推理の論理を発見したのはこれらの事件からでした：殺人者は殺人から邱庭を排除しようとしたということです。ここで正式に始まったコンサートは、コンサート会場の外で爆発が起きたとは知る由もなく、会場にいた千人以上の人々が即座に危険にさらされることになったのは、絶対的な音楽性が唯一の救命の手がかりとなった。コナンは爆発のロジックを発見し、最後の爆弾が爆発する前に犯人を見つけたいと考えていました。