ヘンリー・ゴールディングは、複雑な過去のために隠れて暮らす孤独なコードネーム「スネーク・アイズ」を演じます。彼は偶然にも嵐影一族の後継者候補者を救い、日本の組織に招待された。そこで蘭寧一族はスネーク・アイズに忍者になる方法を教えただけでなく、彼がずっと望んでいた家族も与えてくれた。しかし、スネーク・アイズの過去に関する秘密が明らかになり、たとえそれが親しい人々の信頼を失うことになったとしても、組織に対する彼の信頼性と忠誠心が試されることになる。 『G.I.ジョー：スネーク・アイズ・オリジンズ』には、原作のG.I.ジョー小説の古典的なキャラクターも次々と登場します。