勇城十代は、デューエル学園高校の入学試験に向かう途中、伝説の挑戦者・武藤遊戯と劇的な出会いを果たし、一枚のカードを手に入れる。しかし十代はそのせいで遅刻して試験を欠席した。だからこそ十代はクロノス先生に試験を合格させて欲しいと懇願し、挑戦者としての旅を始めるのだった…。