19世紀末、イギリス・ロンドンの空は黒い雲に覆われていた。探検家マルコム・マレー卿（ティモシー・ダルトン）と美しい霊媒師ヴァネッサ・アイヴス（エヴァ・グリーン）は、未知の生物同士の戦いの最中、2000年前の古代エジプトの秘密を垣間見たようだ。天才外科医ヴィクター・フランケンシュタイン（ハリー・トレッダウェイ）は、死体からフランケンシュタインを創造したとき、その創造主の喜びを体験すると同時に、過去の影に囚われていた。イーサン・チャンドラー（ジョシュ・ハートネット）は、どこにでもパフォーマンスを求める落ち目のアメリカ人青年で、その優れた射撃の腕により、かつてヴァネッサに雇われ、その間ロンドンに留まり、逃げることができなかった。彼は惨めな女性ビリー・パイパー（ビリー・パイパー演じる）と恋に落ちる。決して逃れられない悪夢に立ち向かうため、様々な理由で集まった人々…。