21世紀末、人類の科学技術レベルは高度に発達し、人類のクローン技術や宇宙航行も夢ではなくなりました。同時に、多くの科学者が今も人類の起源の秘密と真実を熱心に追求しています。科学者のエリザベス・ショー（ノオミ・ラパス）とチャーリー・ホロウェイ（ローガン・マーシャル＝グリーン）は、多くの古代文明の調査と比較を通じて、人間が遠い銀河から来たエイリアンによって創造された可能性があることを発見した。ウェイランドから資金提供を受け、彼らはヴィッカース（シャーリーズ・セロン）が操縦する宇宙船プロメテウスに乗って未知の惑星へ旅立った。現地を視察した結果、地球上の人々の思い込みが確認されることに成功しました。しかし、彼らの「神の秘密」の無謀な探究は、彼らを破滅の淵へと導いてしまった…。