シーザー（アンディ・サーキス）率いる猿たちは、残忍な大佐（ウディ・ハレルソン）率いる人類軍と生死を賭けた戦いを強いられることになる。この戦いで猿たちは前例のない大損害を被ったが、これがシーザーの心の暗い側面を刺激し、彼の心に復讐の火を灯した。最終的に、シーザーと大佐は、猿と人間の運命を巡る究極の戦いで対峙することになった。