私設武装組織「天人」と人類連合軍との決戦から四年。天体機関は消滅し、世界は三大国家連合から統一政府へと統一された。ただし、これは単なる外観です。表面上は政治的統一が見られるが、秘密軍事組織A-LAWSが秘密裏に武力鎮圧活動を行っており、連立政権に反対するあらゆる組織や集団を弾圧している。この世界は変わっていません。人類はいまだ戦争、紛争、矛盾から解放されていません。天体機関が再び戻ってきた！ガンダムパイロットのセツナ・F・セイヒデは、新型ロボット・ガンダム00を駆り、再び介入する。今回、天体機関はア・ロウズのモビルスーツ部隊だけでなく、リーダーのリフォンツがより大きな陰謀を企てる謎の組織「リフォーマー」とも対峙することになる！アニメ『機動戦士ガンダム00』シリーズの第2シーズン。