物語は、多くの建物や住民が悲劇的な影響を受けたメトロポリスの戦いから 18 か月後に起こります。ヘンリー・カヴィル演じるスーパーマンは、人類の多くの問題解決に貢献したため神として崇められていたが、かつてはゾッドとの戦いによって街に被害を与えたとして逮捕され、尋問を受けていた。ベン・アフレック演じるウェインが再び人々の前に現れ、スーパーマンを懲らしめるためにここに来たようだ。若き富豪レックス・ルーサー（ジェシー・アイゼンバーグ）が再び二人の間に不和を生み、謎のダイアナ・プリンス（ガル・ガドット）も自らの目的のために介入する……。