物語は昨シーズンに続き、綿密に計画された大爆発により、ウォルター（ブライアン・クランストン）はついに長年の脅威であるグスタボ（ジャンカルロ・エスポジート）を排除し、またグスタボが築いた麻薬帝国を根絶した。しかし、ウォルターと妻のスカイラー（アンナ・ガン）との関係は再び氷点下に陥ったため、「キャリア」の成功はウォルターに大きな幸福をもたらさなかった。グスタボは亡くなったが、ウォルターの野心は消えず、ジェシー（アーロン・ポール）とマイク（ジョナサン・バンクス）と協力して新たな帝国を築き始めた。ハンク（ディーン・ノリス）は、ウォルターがハイゼンベルクであるという決定的な証拠をウォルターの家で発見し、そのような大きな打撃を受けて、かつての義理の弟が今度は自分の敵対者となったことを正義に基づいて殺害することを決意する。同時に、麻薬組織では新たな勢力が徐々に成長しており、ハンクにとって最大の敵になろうとしている。