「ジョニー3」はコメディシリーズ「ジョニー3」の3作目で、ひょんなことから業界に加わった人気秘密諜報員ジョニー役でローワン・アトキンソンが再び登場する。この新たな冒険はハッカー攻撃から始まり、活動中のエージェント全員の身元が暴露され、ジョニーは諜報機関にとって最後の藁となった。そこで、「再就職」したジョニーの最初の任務は、このスーパーハッカーを捜すことだ。鈍くてスキルが低いジョニーは、現代のテクノロジーの課題にどのように対処し、ミッションを無事に完了できるでしょうか?