ハンブルク発ボストン行きの飛行機は無事着陸したが、乗員乗客全員が死亡した。この奇妙な事件は、一連の奇妙で危険な出来事の始まりとなった。 FBIの女性捜査官オリヴィア・デナム（アンナ・トーヴ演じる）は、抜け目なく有能な同僚のジョン・スコット（マーク・バレー演じる）と関係を築いたばかりだったが、ある捜査中に愛する人を失ってしまう。その後、オリヴィアは猟奇事件を専門とする「フリンジファイル課」に採用された。その後、さまざまな奇怪な出来事が次々と起こり、そのすべてが世界から「現代のアインシュタイン」と呼ばれるウォルター・ビショップ博士（ジョン・ノーブル）と権力者に関係しているらしいことを、さまざまな兆候が示している。そして謎のジュリカンパニー関連。捜査が深まるにつれ、事件の背後にある陰謀と秘密が徐々に明らかになっていく…。