街が平穏に戻った後、この大悪党はカムバックするためにかつてのチームを再招集し、エイリアンの悪の勢力であるラングと共謀して、ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズのレオナルド（ピート・プロシェック演じる）、ラファエル（アラン）と共謀した。リー）アラン・リッチソン（アラン・リッチソン演じる）、ドナテロ（ジェレミー・ハワード演じる）、ミケランジェロ（ノエル・フィッシャー演じる）と女性記者エイプリル・オニール（ミーガン・フォックス演じる）、ウェイン・フェンウィック（ウィル・アーネット演じる）とマスクをかぶった女性記者自警団員のケイシー・ジョーンズ (スティーヴン・アメル演じる) は、悪役たちと肩を並べて戦います。スレイド（ブライアン・ティー）が拘留から逃亡した後、彼はマッドサイエンティストのバクスター・ストックマン（タイラー・ペリー）と彼の二人の不器用な右腕、ピッグ・フェイスとカウ・ヘッドと協力して、世界を征服するという悪魔的な計画が開始された。タートルズがスレイドとその仲間たちと戦っている間、彼らはさらに邪悪な勢力である悪役グランと対峙することになる。