ゴルゴムとの戦いから半年後、回復したはずの平和は突如、魔界クラシス帝国によって破られた。クリュシス帝国のジャック将軍は南光太郎を部下に迎え入れようとしたが光太郎が拒否したため、ジャック将軍は変身機能を破壊した。変身機能が破壊され、光太郎は宇宙に放り出された。宇宙塵になろうとしたその時、光太郎に謎の太陽光線が照射され、体内のエンペラーストーンも変化し、光太郎は新たな光の王子「太陽の子」仮面ライダーとなった。 BLACKRX、そして…クリシス帝国との戦い。