「TOKYOMER」が正式に認定されて半年。全国の政令指定都市でMERを実施するため、チームを離れた音羽（賀来賢人）に代わる2人目の医師問題が北見（鈴木亮平）の頭を悩ませていた。チーム内にはヒナ（中条あやみ）の昇進を期待する声もあるが、音羽はヒナが循環器外科の道に進むべきだと主張する。陽菜も音羽の代わりになれるかどうかプレッシャーを感じ、悩んでいた。そんな時、青砥（伊藤淳史）がサポートドクターとしてMERにやって来た。青砥も音羽と同じく厚生労働省の医系技官であり、表向きは第二の医師候補として派遣されているが、そこには厚生労働省の思惑があった。この時、隅田川で大型水上バスと屋形船との衝突事故が発生した。多くの負傷者を乗せ、制御を失った屋形船は暴走した。 MER隊員が現場に急行したが、船にアクセスできず中に入ることができなかった。そして船底内部の燃料漏れにより、多数の患者が爆発する可能性が判明！捨てられた人々を救うため、北見たちは予想外の戦いを繰り広げる。それは死への挑戦です。