かつて「厄災戦争」と呼ばれる大規模な戦争があった。その戦争が終わってから約300年が経ちました。地球圏はそれまでの統治機構を失い、新たな統治体制のもとで新たな世界が構築されつつある。一時的な平和が訪れたのと同時に、地球から遠く離れた火星圏で新たな戦争の火種が燃え上がった。主人公の少年・三日月・オーガストは、所属する民間警備会社クライス・セキュリティ・カンパニー（以下CGS）から地球支配下の火星都市を独立させようと目論む少女・クーデリア・アナを受け入れる。護衛任務。しかしCGSは反乱の芽を奪おうとする武装組織ギャラルホルンの襲撃を受け、三日月ら子供たちを囮にして撤退した。少年たちのリーダー、オルガ・イツカはこれをチャンスと捉え、彼女を虐待する大人たちへの反逆を決意した。オルガからガラルホルン撃退を託された三日月は、CGSの動力炉として使用された『厄祭戦』時代のモビルスーツ、ガンダム・バルバトスで敵に挑む。