トーマス（ディラン・オブライエン）、ミノ（キホン・リー）と彼らのグループは、二枚舌のジェイソン（エイダン・ギレン）が運営する謎のシェルターに連れて行かれた。トーマスが管理し、ジェイソンは彼らに安定した快適な環境を提供し、避難所の設置を命じた。ゴースト戦士たちは医学研究所で一連の検査を受けることになり、ジェイソンはトーマスに対し、彼らはより安全な保護地域に送られ、フレアウイルスに免疫のある他の若者たちと一緒に暮らすことになると約束した。怪しいと気づいたトーマスは、仲間たちを率いて再びジェイソンの支配から逃れることを決意するが、彼らを待っていたのは迷路よりも危険な焦土だった。この映画は、ジェームズ・ダシュナーが書いた同名のディストピアSF小説三部作の第二部を原作としている。