シャオランさんの友人であるアトミスト・スズキ財団は、皇帝ニコライ2世の家族の宝物である「記憶の卵」を展示する準備を進めている。「記憶の卵」にはニコライ2世の家族の貴重な写真が収められており、非常に貴重なものとなっている。期せずして、展覧会の前に、怪盗キッドから宝物の盗難時刻が謎に記された通知書を受け取った。アトムはシャオランの父親である名探偵・毛利小五郎に助けを求めます。もちろん、黒幕のコナンもシャオランとともにやって来ます。コナンは同僚の刑事・服部平次と出会い、二人で協力して怪盗キッドの謎を解くことに！