「学園都市」は人口230万人、その8割が学生であり、他の地域よりも技術が進み「超能力開発」が行われている特殊な地域。そして、学園都市全体に7人しかいないレベル5の超能力者の一人である御坂美琴は、その能力と性格から学園都市で起こる様々な事件に巻き込まれていく…。